Im Frühjahr 1933 verliert Fritz Neumark aufgrund seiner jüdischen Herkunft seine Professur an der Universität Frankfurt. Im September 1933 emigriert er mit seiner Frau und den beiden Kindern, die zwei und vier Jahre alt sind, in die Türkei. Durch Vermittlung der Notgemeinschaft deutscher Wissenschaftler im Ausland kann er an der Universität Istanbul eine Professur im Fachgebiet Sozialhygiene und Statistik antreten. Er gewöhnt sich rasch ein und lernt schnell Türkisch. Das ermöglicht ihm einen intensiven Kontakt zu seinen Studierenden. Fritz Neumark gibt bald eine wirtschaftswissenschaftliche Fachzeitschrift heraus und schreibt zahlreiche Fachpublikationen.

Im Mai 1939 muss auch Fritz Neumark im deutschen Konsulat in Istanbul in seinen noch gültigen deutschen Reisepass ein „J“ hineinstempeln lassen, im März 1940 folgt der Zwangsvorname „Israel“. Kurz darauf wird der Familie die deutsche Staatsbürgerschaft entzogen.

Nach Kriegsende bleibt Fritz Neumark zunächst in der Türkei und leitet ab 1946 das neugegründete finanzwissenschaftliche Institut der Universität Istanbul. Er berät die türkische Regierung und die Zentralbank und ist an der Reform des türkischen Steuersystems beteiligt. Als er 1949 einen Ruf an die Universität Frankfurt erhält, nimmt er diesen zunächst nur als Gast wahr. 1952 entschließt er sich, dauerhaft nach Deutschland zurückzukehren. Die deutsche Staatsbürgerschaft nimmt er, neben der türkischen, erst 1954 wieder an. In den Jahren 1954/55 und 1961/62 ist er Rektor der Universität Frankfurt.