Als Schüler erlebt Ernst Loewy schon vor 1933 offenen Antisemitismus. Im Herbst 1935 beschließen seine Eltern, dass er Deutschland verlassen soll. Nach einer vierwöchigen Vorbereitungszeit auf einem landwirtschaftlichen Gut bei Berlin im Dezember 1935 wird er in das Programm der Jugend-Aliyah aufgenommen. Im April 1936 erreicht er das Kibbuz Kirjat Anavim in der Nähe von Jerusalem, wo er bis 1938 leben wird. Mit den Eltern hält er per Brief Kontakt. Sie können nach den Novemberpogromen ebenfalls nach Palästina fliehen.

Ab März 1938 absolviert Ernst Loewy eine Ausbildung als Buchhändler in Tel Aviv. Ein Studium kann er aus wirtschaftlichen Gründen nicht aufnehmen. 1942/43 ist er Zivilangestellter bei der britischen Armee und arbeitet in einem ihrer Materialdepots. Gleichzeitig schreibt er unter anderem für die Exilzeitschrift „Orient“.

Nach seinem Einsatz als Soldat in der israelischen Armee ist Loewy als Bibliothekar und Archivar im Presseamt der israelischen Regierung tätig. 1956 kehrt er, inzwischen verheiratet und Familienvater, nach Deutschland zurück. Seine Eltern folgen 1957. Die Loewys lassen sich in Frankfurt am Main nieder. 

Ernst Loewy arbeitet in der Judaica-Abteilung der Frankfurter Stadt- und Universitätsbibliothek und als Referent im Deutschen Rundfunkarchiv. 1984 ist er Mitbegründer der Gesellschaft für Exilforschung und wird deren erster Vorsitzender und später Ehrenpräsident. Loewy lehrt und publiziert und gibt der Exilforschung wichtige Impulse.